在该单位工作了13年的，和公司协商解除合同的，

能否拿到经济补偿金及数额需视具体情况。依据《劳动合同法》，若公司合法解除，按工作年限每满一年支付一个月工资；若违法解除，则双倍补偿。不及时处理可能导致权益受损，无法获得应有补偿。
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处理此类问题，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。应先尝试与公司协商，协商不成可申请调解，仍无法解决则可申请劳动仲裁，最终可通过诉讼维护权益。选择方式时，需考虑效率、成本及个人情况。
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协商解除合同补偿金视情况而定。操作如下：1. 首先与公司协商，明确补偿金数额及支付方式；2. 若协商无果，可向劳动部门申请调解；3. 调解不成，准备相关证据，申请劳动仲裁；4. 仲裁结果不满意，可依法提起诉讼，维护自身权益。